清康熙年间，离湖州府南十里，有一座青云寺，寺里住着两个和尚，师父法号清尘，徒弟法号悟理。平日里，清尘只管念经侍佛，悟理负责种菜做饭，虽然寺庙香火不旺，每月除初一、十五外很少有人光临，但清尘每隔几天都要出去一次，且每次都能背些酒肉回来。小小的寺庙里，两个人的日子过得倒也十分清静。
悟理原本是一个落魄秀才，因屡试不中近来才出家为僧的，闲来无事时，爱吟几句诗，画几笔水墨画。这天下午，师父又出去了，悟理上了香，浇了菜园，看看天色尚早，便磨了墨，铺开宣纸画起画来。完成了画作，他觉得还应该题上一首诗，可琢磨来琢磨去，只得了"古木深山寺，滴水亦梵音"两句，下面怎么也接不上来了……
悟理只顾低头苦吟，不觉天色已变，几阵狂风刮过，便"哗啦啦"地下起大雨来，过了好半天，他抬头见窗外屋檐下立着一位浑身湿漉漉的女子。女子微笑着，朝悟理道了个万福，自我介绍说自己从乡下娘家回来，不想路上遭遇暴雨，便急不择路地跑到这寺庙躲雨来了。悟理赶忙把女子让进屋里，生了火，又端来一碗姜汤，女子烤干了身子，喝了热汤，脸色红润了许多，眼睛也有了光彩，连声对悟理表示谢意。悟理细看那女子，虽然衣着打扮一般，但长得丰韵白净，是个不错的美人。窗外的雨一直下个不停，那女子也没有要走的意思，只是拿一双眼睛朝悟理瞟来瞟去的，看得他耳热心跳，浑身都不自在。女子看到桌上悟理未完成的诗句，略一思索，便提笔在画上补了两句："孤云自来去，野草高过人。"原来那女子生在一个教书先生家庭，从小耳濡目染，也颇通晓些文墨。女子写完后，问悟理："小女子的诗句，较小师父的如何？"悟理看那女子的诗续得不错，书法更在自己之上，不禁连连赞赏。一来二去，两个人就渐渐地拉近了距离。这悟理虽出家当了和尚，尘根也未全净，终于把持不住，一头扎进了他的怀里。两人关了房门，在禅房里颠鸾倒凤，一直折腾到天黑，悟理心想师父今夜可能不会回来了，就大胆地留女子在寺里过夜，玩得累了，便双双相拥而眠。半夜里，雨停了，窗外照着明晃晃的月光，悟理听到师父屋子里的开门声和咳嗽声，知道师父回来了，吓得把头蒙进被子里，大气也不敢出。心想明天一早就把这个小娘子打发走，千万不能出什么乱子！
第二天，太阳出得老高，悟理才迷迷糊糊地睁开眼睛，伸手去推身边的女子，推了半天也推不醒，起身一看，那女子仰面朝天躺在床上，一动也不动，一探鼻息，分明已经死了！悟理猛地一激灵，跳下床来，打开房门，更为吃惊的是，师父手持禅杖，眼珠突暴，整个脸部痛苦地扭成一团，也死在门外的石阶上！悟理吓坏了，一屁股跌坐在地上，不明白是怎么回事。寺庙的大门是紧紧闭着的，四周都是高墙，半夜里听脚步声，师父是一个人回来的，那么，是谁杀了师父呢？再说，师父带回来的大黑狗还拴在院墙底下，陌生人也不可能溜进来呀！这小娘子昨夜和自己压根就没分开过，房门也是插着的，又是谁杀死了她呢？悟理推断来推断去，似乎只有一种可能，那凶手就是自己！想到这里，他不禁感到一阵阵地害怕。过了好久，悟理才慢慢地平息下来，他本想去报官，但转念一想，这不等于去送死吗？寺里面就自己一个人还活着，说不是自己作的案，谁也不会相信，到那时，就是跳进黄河里也洗不清了，最好的办法，就是把尸体神不知鬼不觉地埋了。他打开寺门，先把清尘的尸体扛进寺外的菜园里，再折身回来扛那女子，可等再次回到禅房，却发现那女子的尸体竟然不见了！悟理吓得魂飞魄散，草草掩埋了清尘，逃回寺里，不住地喘着粗气，心想那女子到底是人还是鬼？
中午，悟理紧闭寺门，筋疲力尽地躺在床上，刚刚入梦，就被一阵砸门声吵醒了。他正欲起身开门，大门已被撞开，一群差役猛冲进来，不由分说，七手八脚地把悟理捆了个结结实实。原来，悟理刚埋了清尘，就有个泼皮来偷黄瓜，他走进菜园里，见到刚翻动过的新土，扒开一看，竟是个死人，就赶紧跑去报官了。悟理被押往县衙，知县曹大人亲自升堂审问，他一拍惊堂木，"你个秃驴，毒死师父，还想埋尸灭迹，是何道理？"悟理根本不知道是怎么回事，跪在地上，大呼冤枉。曹知县嘿嘿冷笑："你还想抵赖不成？寺门既是紧闭，院墙下连一只脚印都没有，不是你在师父茶杯里下的毒，又是何人？好好招来，免受刑罚！"说罢让人带上一只茶杯，悟理一看，正是师父平日里饮茶的杯子，杯子里尚有半杯茶水，泡的是前些天朋友赠给自己，自己又孝敬给师父的上等西湖龙井。这时一个差役拿出自悟理房里搜出的半包西湖龙井，丢在悟理面前，说道："只要你交待下的是何种毒药，自何处购买，我们便不会太为难你。"悟理真是有口难辨，本想说出那女子的事，可话到嘴边又咬住了，多一条人命，自己就多一份罪行，况且那种淫乱之事也不好交待，于是就干脆闭口不提。曹知县见悟理还在磨蹭，便让大刑伺候，直打得悟理皮开肉绽，死去活来。悟理实在抵熬不过，就随口编了一套供词，说是自己嫌师父年老体衰吃白食，想独占青云寺，便起心毒死了他，并在供词上按了手印。于是，悟理就被收进了死牢里，因为他一直交待不出哪里买的毒药，所以迟迟也没能问斩。这个案子，就这样一直拖了下来。
转眼间三年过去了，曹知县升任它处，狄海伯赴任了。狄大人办事最是细心认真，他察看了前任断案的卷宗，觉得青云寺一案甚是蹊跷，便自死牢里提来悟理。狄海伯道："你把当时的情形向我细细道来，不得有半点遗漏。"悟理早闻狄海伯大名，知其是个"狄青天"刚正不阿，断案如神，这下，悟理哪敢隐瞒，便把当初如何受女子引诱、以后发生的事情一五一十全讲了……
第二天，狄大人带上随从张一刀，径直来到青云寺。寺里久不住人，显得十分阴森恐怖。狄大人一面闲逛，一面仔细地观察。佛堂的后边是清尘的禅房，前边是一间小僧房和一间客房，寺的四周都是高墙，狄大人目测了一下，墙高一丈二尺有余，若想半夜里翻进来而不被墙底下的大黑狗发觉，那几乎是不可能的。狄大人踏进小僧房里，见木柱上贴着一幅字画，正是悟理和那女子所作。狄大人看了良久，转身问张一刀："你可看出这寺庙有何特别之处？"张一刀说:"小人看不出来。"狄大人指着柱子上的佛像道："我看那客房和这僧房的佛像，鼻子大，嘴巴小，样子实在别扭，我们再到清尘的房子里去查看一番，定能有所发现。"清尘的禅房看上去十分讲究，几张红椿木靠椅，一张雕花大木床，床的里面是一堵木板墙。狄大人让张一刀点着一支火把，沿着木板墙来回寻找，果然，火焰在一条缝隙处燃得特别亮，呼呼地直往里窜。狄大人说："里面一定是空的，把它撬开。"可木板墙非常结实，张一刀撬了半天也没撬动，急得一拍床头，奇迹却突然出现了，木板"吱吱"地移动了，露出了一方黑黑的洞口来。二人点着火把，小心翼翼地走进洞里，原来是一条暗道，穿过佛堂，暗道一分为二，分别通向前面的小僧房和客房的上方，暗道的尽头有两个透着亮光的小孔。二人在暗道里发现了一包迷香、几幅春宫图和一些金钗、银镯、玉佩等物品，还有一大堆女人的内衣、花裤、肚兜，男人的衫帽等衣物。狄大人往小孔里点了迷香，又和张一刀来到前面的僧房和客房里，只见两个房间柱子上佛像的鼻孔里都在不停地冒着青烟，狄大人说："好个清尘，奸杀、谋害性命无数，那些尸体，一定藏在这寺庙的某个地方。"回到县衙后，狄大人让张一刀展出所有的衣物让四周的百姓辨认，很快就有了结果，那些东西，有些是前几年出门烧香许愿不见回家的妇女的，有些是上山野游后神秘失踪的公子和妓女的，还有大量的外地衣物……
不久，又有几家当铺前来作证，说有个和尚打扮的人曾在他们那里当过玉佩，说的相貌和清尘一般无二。狄大人又找来悟理，了解到那天早上他起得比平时晚了许多，浑身乏力，太阳穴处微微发疼，正是中了迷香醒来后的症状。于是，狄大人做出了一个假设：那夜，悟理和那女子睡在床上，被清尘自暗道里发觉，于是就点了迷香，操了黑铁禅杖前来拨门，不想还没走到门口就中了剧毒，倒在门前的石阶上。那女子比悟理迟些时间醒来，见悟理扛着清尘的尸体出门，吓得不行，就偷偷地溜走了……但这种假设，还存在着两个疑点：一是那女子如果还活着，现在藏身何处？二是究竟是谁，什么时间在清尘的杯子里下的毒？这些，还有待进一步查明。
一天，狄大人上宝石山游玩，遇到一白衣秀才，见其手摇一面纸扇，上题诗一首："清凉山溪水，灈我身上尘。拈花一微笑，忽忘第几春"狄大人看了，觉得这诗句写得有些味道，再看那字，竟是十分地熟悉。他略一思索，不禁大喜。真是"踏破铁鞋无觅处，得来全不费工夫！"上前一问，果然，那笔墨出自静思观女道士忘香子之手。那忘香子就是悟理那天所遇到的女子。一切正如狄大人所料，那天早晨，她迷迷糊糊醒来，见了悟理扛着一个死人往大门外走去，吓了一身的冷汗，爬起来就头也不回地溜跑了。可关于清尘之死，狄大人苦苦思索了几天，也没有得出答案。清尘那晚泡的是西湖龙井，是悟理的朋友刘秀才赠送的，那茶杯里毒物，问过大大小小几十家药铺，谁也说不清到底是什么东西。
这天天阴，窗外下着淅淅沥沥的小雨，狄大人抬头，看着屋檐上的雨滴，突然若有所悟，一拍大腿："有了！"马上喊了张一刀，急奔青云寺而去。原来清尘的禅房在进门的地方掉了一块青砖，形成了一个凹进去的墙洞，当初那杯茶就是放在这个墙洞里的。狄大人让张一刀烧了开水，取出一撮自刘秀才处索来的西湖龙井，沏了一杯，放进墙洞里，然后就和张一刀站在一旁死死地盯着那只茶杯。茶杯口雾气腾腾，一股茶叶的清香直沁心脾，令人垂涎欲滴。不一会儿，茶杯的上方就有了动静，一只大蜈蚣探头探脑地钻出来，贪婪地吮吸着雾气，不久，又接二连三地跑出几只蜈蚣来，它们争先恐后地吮吸着，一直等到雾气完全消散后，才钻回砖缝里。狄大人对张一刀说："看到没有？这些蜈蚣才是真正的杀人凶手，它们吮吸水汽的时候，把有毒的唾液都滴到杯子里面去了，清尘就是饮了这种茶水后一命归西的。"狄大人让人把茶水喂给一只恶犬，恶犬还没喝完就四腿一蹬倒毙在地，众人看了，无不目瞪口呆。至此，青云寺一案才算真相大白。狄大人判了悟理无罪，有看其确实有些才能，就劝其还俗，留在身边作一执笔小吏。
后来，狄大人又派人拆除了清尘的禅房，在房间的夹墙内，竟发现了十几具已经腐烂的尸体，尸体上缠着一条条褐色的大蜈蚣，共有数千条只多，焚烧了几个时辰才全部烧死，其味恶臭无比，人不敢近。
清尘害人性命，又死于被害者尸体上生出的毒蜈蚣，冥冥之中一切似有安排，真是"法网恢恢疏而不漏"啊！