鲁迅在生命最后的日子里，回忆起自己的恩师，写下了《关于太炎先生二三事》一文。他对章太炎的一生作了概括：“考其生平，以大勋章为扇坠，临总统府之门，大诟袁世凯包藏祸心者，并世无第二人；七被追捕，三入牢狱，而革命之志，终不屈挠者，并世亦无第二人。这才是先哲的精神，后生的楷范……我以为先生的业绩，留在革命史上的，实在比在学术史还要大。”
至于太炎先生晚年“脱离民众、渐入颓唐”，甚至应东南五省大军阀孙传芳的邀请，去南京主持投壶、接受馈赠，每为论者所不满，鲁迅则认为“这也不过白圭之玷，并非晚节不忠”。先生逝世后，国民党的市侩文痞勾结小报，奚落太炎先生而自鸣得意，鲁迅的抨击是“蚍蜉撼大树，可笑不自量”。
鲁迅在日本留学时，参加了章太炎开设的国学讲习会，成为先生的一名弟子。“回忆三十余年之前，木版的《范书》已经出版了，我读不断，当然也看不懂，恐怕那时的青年，这样的多得很。我的知道中国有太炎先生，并非因为他的经学和小学，是为了他驳斥康有为和作邹容的《革命军》序。”由此可见，作为国学大师章太炎的质疑胆量与革命精神，更为学生看重与仿效。
作为“有学问的革命家”，章太炎（1869-1936）是以举世罕有的学识渊博精深而著称的。在诂经精舍师从大师俞樾的长期苦读，使他打下了堪与乾嘉诸老比肩的朴学根底，而于西学的广取博纳，更使他获得了乾嘉学人缺少的世界眼光而突破了朴学的局限。他是晚清学贯中西的一代文化巨子。
章太炎晚年留影
《章太炎说文解字授课笔记》是太炎先生1908年4月至9月在日本讲授《说文解字》的课堂实录，根据钱玄同、朱希祖、鲁迅三人现场所记和事后整理的笔记整合在一起编排。这份《笔记》记录了太炎先生研究《说文》的具体成果，反映了太炎先生创建的以《说文》学为核心的中国语言文字学思路与方法，也记载了三位原记录者向太炎先生学习《说文》的经历，是一部中国近现代学术史上难得的原始资料。
章太炎对于鲁迅的影响，不仅仅是对于“魏晋文章”的认同，融化为一样的深刻文风，形成他深厚的思想渊源与文笔底色，且更是以“自贵其身，不依他力”的大独人格，融合、凝聚、升华了自古以来我们民族争取自由与个性解放的一脉思想传统，传承了中华民族源远流长的“狂人”精神谱系。鲁迅正是在这一背景中接受了章太炎倡导的“自识宗”，主张“依自不依他”的独立思考精神。他在日本东京《新生》文艺运动中形成了“个”的思想，多次使用“自”“自性”“独”的概念。从他那“不和众嚣，独具我见之士”的热切呼唤中，我们仿佛看到章太炎大独人格的身影。
鲁迅继承与发展了章太炎的学人传统，他把诸子的异端学说以及“非汤武而薄周孔”的嵇康思想融化于他的前期文学中，并把这一传统现代化，选择了以尼采为代表的西方个性主义的“新神思宗”，结合了以拜伦为代表的“摩罗诗人”的期待视野与接受心理。章太炎在《明独》中提出：“大独必群，群必以独成……小群，大群之贼也；大独，大群之母也。”意思是只有通过“大独”这种个人的自觉，才能实现健康的社会群体。鲁迅后来写了《破恶声论》，同样以为“人各有己，而群之大觉近矣”。
1909年，鲁迅与许寿裳、蒋抑卮等人在日本合影，这是鲁迅唯一一张穿和服的照片
鲁迅于是提出：“首在立人，人立之后而凡事举；若其道术，乃必尊个性而张精神。”（《文化偏至论》）并且宣扬“声发自心，朕归于我”，“人各有己，不随风波”。 鲁迅的“立人”也是指独立的人格，必须是在个性精神的支撑下实现的。在鲁迅看来，个人化的思想是历史进化和社会解放的动力之源，他所强调的人的精神，不仅是一种民族解放和文化重建的历史需要，而且常常在他的历史文化评判中不声不响地成为某种价值标准。当然，鲁迅的“立人”说与章太炎的“自性”论是目标一致的，他们的“启蒙”行为也是互相呼应的。但是师生为中国近世寻求出路还是有分歧的，恰好成了两代知识分子的典型，他们其实不过是“同源异表”。
当年章太炎抵达日本后，同盟会立刻于锦辉馆召开欢迎大会，出席者两千人。章太炎在会上做了演说，围绕着排满复汉、革命救国的宗旨，他提出了中国革命者面临的两个任务：“第一是用宗教发起信心，增进国民的道德；第二是用国粹激励种姓，增进爱国的热肠。”鲁迅立即就写下《破恶声论》，以不同的方式回应了章太炎提出的这两个任务。
辛亥革命前，章太炎提出了“九世复仇”的主张，同鲁迅不谋而合。《女吊》是鲁迅塑造的最后一个带有强烈个人色彩的艺术形象，绍兴妇女有搽粉穿红、上吊自杀以化厉魂索命的乡习。鲁迅以明末王思任所言的“会稽乃报仇雪耻之乡，非藏垢纳污之地”，为“女吊”这个充满民间意味的艺术原型注入了家国复仇主义的思想，从而使之具备了浓厚的历史意味。他说：“被压迫者即使没有报复的毒心，也决无被报复的恐惧，只有明明暗暗，吸血吃肉的凶手或其帮闲们，这才赠人以‘犯而勿教’或‘勿念旧恶’的格言——我到今年，也愈加看清楚了这些人面东西的秘密。” 鲁迅在一篇杂感中这样说：“报复，谁来裁判，怎能公平呢？便又立刻自答：自己裁判，自己执行；既没有上帝来主持，人便不妨以目偿头，也不妨以头偿目。有时也觉得宽恕是美德，但立刻也疑心这话是怯汉所发明，因为他没有报复的勇气；或者倒是卑怯的坏人所创造，因为他贻害于人而怕人来报复，便骗以宽恕的美名。”
鲁迅不但主张“韧的斗争”，而且坚决反对“宽恕敌人”。他写下了一篇遗嘱性的文章《死》：“只记得在发热时，又曾想到欧洲人临死时，往往有一种仪式，是请别人宽恕，自己也宽恕了别人。我的怨敌可谓多矣，倘有新式的人问起我来，怎么回答呢？我想了一想，决定的是：让他们怨恨去，我也一个都不宽恕。”直到晚年的《遗嘱》，第七条写着：“损着别人的牙眼，却反对报复，主张宽容的人，万勿和他接近。”
章太炎有“学界狂人”“章疯子”之外号，他以学问名扬天下，亦以骂人名震四海，他一骂皇帝，二骂圣人，三骂总统，一生特立独行，我行我素。可是他后来自编文集，大量“刊落”先前那些“驳难攻讦，至于忿詈”的“斗争的文章”。鲁迅因此感到非常可惜，他主张章氏这方面的文章“应该一一辑录、校印，使先生和后生相印，活在战斗者的心中”。
章门弟子合影，左起：朱镜宙、沈兼士、朱希祖、马裕藻、许寿裳、周作人、钱玄同、刘文典
“骂人”是绍兴文人的一种传统，是谓：心直笔尖，一吐为快；臧否人物，不留情面。鲁迅的杂文总被说成是“骂人”的，其针砭病弊之犀利，绝不亚于太炎先生。鲁迅说：“骂人是中国极普通的事，可惜大家只知道骂而没有知道何以该骂，谁该骂，所以不行。现在我们须得指出其可骂之道，而又继之以骂。那么，就很有意思了，于是就可以由骂而生出骂以上的事情来的吧。”（《通讯》）
章太炎说：“大凡非常可怪的议论，不是神经病人，断不能百折不回孤行己意。所以古来有大学问成大事业的，必得有神经病，才能做到。”他特别列举了古今中外的六个历史人物：苏格拉底、卢梭、穆罕默德、俾斯麦、熊廷弼、左宗棠。他甚至宣称：“要把我的神经病质，传染诸君，更传染于四万万人。”
鲁迅创作的第一篇小说《狂人日记》，就是受到过章太炎的演讲启发的，其中揭示了“以理学杀人”的社会本质。《狂人日记》被称为“新文学的第一声春雷”。鲁迅借“狂人”之口宣称：“我翻开历史一查，这历史没有年代，歪歪斜斜的每叶上都写着‘仁义道德’几个字。我横竖睡不着，仔细看了半夜，才从字缝里看出字来，满本都写着两个字是‘吃人’！”
鲁迅与章太炎都有那种“以儒兼侠”的特性。章太炎有诗为证：“拔剑何峥嵘，侠骨磨青天。”史沫特莱在回忆先生的文章中说：“鲁迅是一把宝剑。”
当然，在他们的身上，“儒道互补”也是明显的。章太炎题赠鲁迅的条幅曰：“变化齐一，不主故常。在谷满谷，在坑满坑。涂郤守神，以物为量。”此语出自《庄子·天运》，同样体现了“国学”的智慧与魅力。
蔡元培评说：“鲁迅先生为一代文宗，毕生著述，承清季朴学之绪余，奠现代文坛之础石。”（《征订〈鲁迅全集〉精制纪念本启》）这个“朴学之续余”就是说章太炎的学术传统。宋云彬也指出：“章太炎的门人子弟中，只有鲁迅一人，学会他老师的写文章的方法。”（《文学评论》）端木蕻良说的更为明确：“中国在过去也许有过民族主义的文学，但是成为一个运动的，是从章太炎开始。中国也许有过民主主义的文学，但是真正的担负了这个任务而达到了新民主主义的观点的，是从鲁迅这儿开始，并且完成。”（《中国三十年来之文学流变》）
1936年6月14日，章太炎于苏州病逝。短短四个月后，鲁迅在上海追随先生而去。