大清帝国到了末期可谓是内忧外患，不仅要应付列强在东南的蚕食鲸吞，还要镇压西北阿古柏的入侵，然而清政府的国库却早就被太平天国起义掏得一干二净。
清廷上下分成了以李鸿章为首的“海防”派和以左宗棠为首的“疆防”派。两拨人唇枪舌战，吵得不可开交，其实归根结底还是军费之争，所以左宗棠西征的军费一直是大家关注的焦点。
西域归入中华版图很早，但中原王朝却很难对其实行有效的管理。不少人将其归结为宗教的原因，伊斯兰教有“朝觐”制度，各地的穆斯林都心向麦加，对阿拉伯文化有着天然的亲近。一旦中原王朝的边疆政策出现差错，很容易出现离心离德，甚至是起义暴乱。
宗教固然是重要因素之一，但西域百姓第一次接触伊斯兰教的时间比中原人还晚了三百多年，直到十六世纪，伊斯兰教才真正成为西域的主流宗教。在此之前，西域一直是著名的佛国，而佛教与中原文明并不具有强烈的互斥性。
影响中原王朝经营西域的主要原因还是自然环境。在华夏民族的发展历史中，往东南的迁徙是非常成功的。由于气候环境优越，凭借先进的农业技术，华夏民族总能够在人数上占据优势，然后再依仗发达的文化逐步吸引和同化周围民族。
然而往西北的迁徙却异常坎坷。由于身处大陆腹地，西域气候干旱，土地贫瘠，定居民族很难在草原或大漠戈壁上生存，华夏文明很难落地生根，同化西域更是无从谈起，所以中原王朝用兵西域历来都只能从内地发兵。
且不论中原王朝在内地如何调兵，仅从玉门关到南疆重镇喀什噶尔（喀什）的直线距离就有1500多公里。在交通不便的古代，步兵在戈壁山地的行军每天连20公里都很难达到，这样的行军速度对后勤带来的压力是无法想象的。
为了减轻财政的压力，左宗棠与前线总指挥刘锦棠经过多次推演，认为进疆平乱只需“胜兵万余”。左宗棠因此对老湘军进行了大规模裁汰，仅保留部分青壮精锐，同时又吸收大量陕甘马队，后来创立甘军的董福祥，称霸西北八十年的马家军都是在此时登上历史舞台的。
人员精简之后，左宗棠才能够集中力量为湘军换发当时世界最先进的火炮和火枪。董福祥的陕甘马队作为先锋部队装备最为优良，不仅有各式火炮数十门，一线指挥官还用上了双筒望远镜。英国人色罗杰曾评价道：“这支军队完全不同于所有以前在中亚的中国军队，它基本上近似一个欧洲强国的军队”。
俗话说大炮一开黄金万两，在镇压太平天国之初，曾国藩始终不愿采购洋枪，除了认为火器为西方奇技淫巧之外，最重要的还是一个字“贵”。然而在西北战场上，即便湘军采用了欧洲最先进装备，军火的消耗仍只占很小的比例。
从1874年到1877年，左宗棠通过各种途径先后筹集军饷4200万两，用于购买军火的费用只占5%。清军最主要的开支都用在了购买和运输军粮之上。西征军粮最初主要从甘肃的肃州采买。肃州之粮运到新疆东部的巴里坤需要三十日，如果用骡马，所负军粮不够沿途消耗。
左宗棠经过反复试验，最终选择食量教小的骆驼进行运输，但由于负重较少，每百斤粮食运到巴里坤成本高达15两银子。后来左宗棠尝试从包头运粮，运费虽减轻不少，但也需要八两银子。
西北疆土广袤辽阔，远离国家政治中心，特殊的地理和地址环境决定了用兵新疆的成本是巨大的，所以中国历朝历代不管出了什么样的雄才大略的帝王，影响力最多只能到达新疆，根本无法对中亚实施有效管理。