1993年7月23日，美国以获得情报为由，指控中国“银河号”货轮向伊朗运输制造化学武器的原料，并威胁要对中国进行制裁。同时，美国向“银河号”所在的国际公海，派出了两艘军舰和五架直升飞机。
8月4日，中国在经过调查后，明确告诉美国：“银河号”没有违禁化学品。美国则声称情报绝对准确，坚持要对“银河号”进行检查。
两难选择 接受、拒绝都“窝囊”
8月28日，中国同意美国派专家，以沙特政府技术顾问的身份，对停泊在达曼港(位于沙特阿拉伯)的“银河号”进行检查。当时，国内有人指责沙的做法让中国“遭到耻辱”。
沙祖康在回答王志的提问时说，同意上船检查当然是中央的决策。在当时的情况下别无选择。“如果你拒绝，他(美国)就说，果然给我说中了吧，船上肯定有吧，那就跳进黄河也洗不清了。” “两害相权取其轻”沙祖康以此来形容当时的决定。“拒绝，窝囊，我们就要背黑锅；让他们去查，某种程度上我们受到了侮辱，也窝囊。但是两个窝囊中选择了第二个。等这个事情的真相查明了，没有(违禁化学品)。那窝囊就是他们的。
9月4日，中国、沙特代表及美国顾问签署检查报告，确认“银河号”没有违禁化学品。
最怕美国耍赖 检查报告北京写好带去
“这个报告是我在北京写好了带去的，就把日期和名字空出来了，叫美国人签字。你就是不信，非要浪费这个时间，这不是没事找事吗？”沙祖康说，至今讲起往事，仍然感到窝囊。
沙祖康在检查报告中写的是：“X月X号到X月X号，中国和沙特两国组成政府协查组，进行了核查。结论如下：经查表明没有亚硫硒氯和硫二甘醇这两项化学品。”但美国代表提出了修改报告的要求。
“一下子我的阶级斗争觉悟就上来了，果然你想搞阴谋。”采访中沙祖康情绪激昂。但美国的修改结果却完全出乎他的意料。美国在检查报告上添上了“经彻底的核查”、“断然的表明”和“根本没有”这些字眼。“我当时一看，神经病犯了你，有你这么写的吗？因为太好了，好得使我怀疑后面有阴谋。”
但背后的阴谋并不存在。美国要求检查的依据是中央情报局的情报，检查的结果却表明情报完全错误，这让美国人颜面尽失。负责检查的美国国务院官员对此非常恼火，他要通过这份报告书来表明：他们的检查是认真负责的，错误在于情报部门。“因此据报道，他们的中央情报二把手也撤职了，受到了应有的处置。”沙祖康如此解释。
风萧萧兮易水寒 壮士一去兮不复返,1993年，沙祖康46岁，是当时外交部最年轻的副司长之一。当他接受任务前往处理“银河号”事件时，外交部国际四倾巢出动，来给他送行，这种场景前所未有。回忆这一幕，沙祖康记忆犹新。“我当时有一个感觉就是，风萧萧兮易水寒，壮士一去兮不复返。”“他们觉得很悲壮。”沙祖康说，“银河号事件”是建国以来从未发生过的。“中、美作为安理会常任理事国，而且都是有核武器的国家，如果处置不当，很可能出现武装冲突。”
对美国指控的两种违禁化学品，沙祖康亲自调查，给船上货物的所有厂家打电话，得到没有的确实保证。为了保证最终调查报告顺利签署，他事先预想了各种问题的处理方式。“搞一个糊里糊涂的报告，你说，你沙祖康干什么去了？你就去干这个糊涂事了？”沙祖康坦言，自己当时甚至做好了回家种地的准备。