1938年4月，正当全国人民戮力同心与日本侵略者作殊死斗争时，中共内部发生了中共一大代表、时任陕甘宁边区副主席的张国焘叛逃事件。耐人寻味的是，张国焘叛逃，连贴身警卫员都没能带走。他的贴身警卫员张海对周恩来说：“我是个共产党员，难道他不革命我也不革命吗？”
1938年11月6日，在中共六届六中全会上，毛泽东总结历史教训，明确提出：共产党不争个人兵权，不要学张国焘，但要争党的兵权，争人民的兵权。他形象地将党对军队绝对领导原则表述为：“我们的原则是党指挥枪，而决不容许枪指挥党。”
这条根本原则，是在长期革命斗争实践中确立并逐步完善的。大革命失败后，我们党深刻认识到独立掌握军队和独立领导武装斗争的极端重要性，在全国组织了百余次武装起义。南昌起义标志着人民军队的诞生，也标志着党对军队领导的开始。
1927年9月，秋收起义部队在三湾改编，毛泽东创造性地提出“支部建在连上”，为实现党对军队的领导奠定了重要的组织基础。
1929年12月，毛泽东主持制定古田会议决议，理论上阐明党对军队领导的原则，从政治上、思想上、组织上确立了党领导军队的一些基本制度和措施，政治委员制度成为一个崭新创造。1932年9月12日，《中国工农红军总政治部关于红军中党的工作训令》第一次明确提出：保障党在红军中的绝对领导。
纵观我军80多年发展壮大的历史，就是在党的绝对领导下从胜利走向胜利的历史。国外研究者发现了一个有趣的规律：在解放军历史上，出现过高层领导人脱离、叛变这个组织的事情，但从未出现过成建制的“叛军”。他们得出结论：解放军不会哗变！这个发现只是表象，背后的奥秘正是“党指挥枪”。
1971年9月13日，历史出现惊人相似的一幕：林彪作为著名战将、元帅，叛逃时与张国焘一样没能带走自己的警卫员。改革开放环境下，党指挥枪作为一条根本原则，成为划清中国特色基本军事制度与西方军事制度的一个重要界限。党指挥枪这个建军之本、立军之魂，决定了我们什么时候都不可能搞什么“军队非党化”“军队国家化”。
